ビオトープを創る地域の生物を調べます。どこに何がどれくらいいたかを記録し地図上でプロットします。ＧＰＳとＧＩＳを利用すると作業は効率的に進みます。また、生物だけでなく地域にどのような環境があるかを記録します。学校ビオトープの場合この段階からこども達に参加してもらうと地域の生態系も分かり環境教育の効果は高くなります。

ビオトープの設計をするためにまず現地の測量をします。特に水辺ビオトープでは高さの測量が欠かせません。それは、高い所に水は流れないからです。それをもとにＣＡＤという設計ソフトを使用し、土の切り盛りや護岸の設置方法などを図面化します。

作成された設計図をもとに、池の本体、水路、配管など必要な工事を行います。スコップを使用して人間の力だけでは作業効率が悪いため、様々な建設機械を使用します。穴掘りや護岸の工事が済むとビオトープに適切な植物を植えたり、種子を撒いたりします。

ビオトープの完成後、生物の様子（種類や数）がしだいに変化していきます。この様子を毎年の調査で明らかにしていきます。例えば外来生物の侵入状況や絶滅危惧種の増減など今後の管理に役に立つデータが得られます。

生物の多様性を高くするために繁茂しすぎた植物は間引きします。また、外来種については出来る限り駆除します。樹木などは適切に枝を払ってやります。それは樹形を整えるとともに風通しを良くすることにより、病気や害虫の抑制になります。

学校ビオトープでは工事やビオトープの生物調査等を環境教育の一環としてこどもと一緒に行うことがあります。また、生態系の仕組みや生物保全、ビオトープについて等を小学校へ赴き環境教育の出前授業を行うことがあります。